Флавинмононуклеотид образуется из рибофлавина (витамина В2) ферментом рибофлавин киназой и является простетической группой различных оксидоредуктаз, включая NADH-дегидрогеназы. FMN в биохимических процессах находится в трех формах — окисленной (FMN), полухинон (FMNH·) и восстановленной (FMNH2). FMN является более сильным окислителем, чем NAD, и частично более полезным, так как может принимать сразу два электрона. FMN представляет основную форму, в которой рибофлавин находится в живых клетках и тканях, энергетически это менее выгодное соединение, но более растворимое в воде, чем рибофлавин.
Используется как пищевой краситель (код E101a). Весьма близкое вещество, натриевая соль рибофлавин-5'-фосфата, также зарегистрировано как пищевой краситель (код E106), однако запрещено к применению в России и на Украине.